داستان فیلم درباره "کلتون" سریعتر از آنچه انتظار داشت رشد کرده ، پدرش او و خواهر کوچکتر و مادرش را رها کرده ، حالا او مسئولیت کارهای روزانه را برعهده گرفته است و ...

در انیمیشن کوبو 2016 ، داستان در زمان چین باستان به اتفاق می افتد، جایی که پسری نوجوان به نام کوبو به همراه مادربزرگش در دهکده ی قدیمی سامورایی ها زندگی می کند. او زندگی آرمی دارد تا اینکه یک شبح شیطانی قدیمی که قصد انتقام گیری از سامورایی ها را دارد به دنبال او آمده و زندگی او را زیر و رو میکند. در همین اوضاع نیز سایر هیولاها به دنبال او آمده اند تا او را بکشند. او باید زرح و شمشیر قدیمی پدرش که قبلا در ارتش سامورایی ها بوده است را پیدا کند و با کمک آن از شر این نیروهای شیطانی رهایی یابد…